A nível ficcional, a transgressão ocorre, entre outros, nos seguintes aspectos:
a. A música vence a doença (a música tocada por Scarlatti no seu cravo tem poderes curativos bem evidentes na cura da misteriosa doença que afecta Blimunda após a árdua tarefa de recolher as duas mil vontades necessárias ao voo da passarola).
b. O padre Bartolomeu de Gusmão desafia o poder da Igreja, seguindo o seu sonho e a ciência.
c. A concepção das personagens, nomeadamente as figuras históricas, transgride aquilo que a História nos transmite. Por exemplo, o casal real é apresentado pelo narrador de forma caricatural; ao contrário do que seria de supor, é o casal Baltasar e Blimunda que assume o estatuto de protagonista do romance.
d. O voo da passarola conforme descrito na obra não é verídico. Por outro lado, o voo sai do domínio humano e entra no domínio de Deus, subvertendo as leis do universo.
e. O voo da passarola assenta na conjugação inusitada de saberes: o saber científico de Bartolomeu, associado ao saber artesanal de Baltasar, à magia de Blimunda e à arte de Scarlatti.
f. O narrador assume um estatuto pouco habitual: acompanha a acção, comentando-a e criticando, estabelecendo uma interacção permanente entre passado, presente e futuro.
