O narrador critica a governação do reino, nomeadamente o sector da justiça, assente no poder e na riqueza, e dá notícia da morte do infante D. Miguel, afogado, enquanto a vida de seu irmão, infante D. Francisco, é poupada.
A passarola está pronta para voar, mesmo a tempo, pois Baltasar e Blimunda têm de abandonar a quinta de S. Sebastião da Pedreira, perdida, em definitivo, pelo rei para o Duque de Aveiro. O padre Bartolomeu anda agitado, ansioso e receoso de que o acusem de feitiçaria e judaísmo, não obstante o apoio real, e quer dividir a honra e a glória do invento com o casal Baltasar e Blimunda.
Certo dia, o padre Bartolomeu chega, pálido e assustado, dizendo que tinha de fugir, pois o Santo Ofício andava à sua procura para o prender, apontando a passarola como meio para a fuga. E assim sucedeu: depois dos últimos preparativos, a passarola voa de facto. As três personagens vivem momentos de medo, euforia, deslumbramento e felicidade, considerando-se loucos, e, do alto, avistam Lisboa, o Terreiro do Paço, as ruas, etc. Quando a noite chega, a passarola começa a perder altitude por falta de sol, o que provoca momentos de angústia e grande medo. O padre Bartolomeu resigna-se a aguarda o desfecho fatal, mas Blimunda, auxiliada por Baltasar, consegue controlar o aparelho e aterrar em segurança em local desconhecido.
Cansados e após se alimentarem, adormecem. Quando acordam, o padre Bartolomeu procura incendiar a passarola, mas é impedido por Baltasar e Blimunda. De seguida, afasta-se para umas moitas e desaparece para sempre, não obstante as tentativas de Baltasar para o encontrar.
Só, o casal decide cobrir a máquina de ramos e folhas para impedir que seja descoberta. Na manhã seguinte, descem pelo trilho por onde desapareceu o padre e, dois dias volvidos, estão de regresso a Mafra, onde deparam com mais uma procissão a percorrer as ruas, que dava graças a Deus por haver mandado o Espírito Santo voar sobre as obras da basílica do convento.
